Navoiy davlat pedagogika institutida bitiruvchi magistrlarning magistrlik dissertatsiyasi himoyalari davom etmoqda. Xususan, Pedagogika nazariyasi va tarixi (faoliyat turlari bo‘yicha), Ta’lim muassasalarining boshqaruvi, Tasviriy san’at va amaliy bezak san’ati, Musiqa ta’limi va san’ati, Ijtimoiy-gumanitar fanlar o’qitish metodikasi (tarix), Aniq va tabiiy fanlarni o’qitish metodikasi (fizika va astronomiya), Matematika (yo’nalishlar bo’yicha), Ta’limda axborot texnologiyalari, Aniq va tabiiy fanlarni o’qitish metodikasi (biologiya), Geografiya (o’rganish obyekti bo’yicha) mutaxassisliklarida dissertatsiya himoyalari yakunlandi.
Jarayonlar shaffofligini ta’minlash maqsadida institut rahbariyati, ta’lim sifatini nazorat qilish davlat inspeksiyasi, o‘quv-uslubiy hamda magistratura bo‘limlari tomonidan nazorat olib borilmoqda.
